Санкт-Петербургский Музыкальный лицей был создан в декабре 1995 года на базе Музыкальной школы №12 Центрального района и по собственной образовательной структуре длительное время не имел аналогов в России и за рубежом. За годы собственного существования лицей уже четырежды признавался наилучшим музыкальным учебным заведением Санкт-Петербурга.
Роль лицея значительна в формировании будущего Петербурга. Основной задачей лицея является выявление более музыкально одаренных детей и профессиональное обучение их на начальном и среднем этапах образования, подготовка их к продолжению обучения в музыкальных училищах либо университетах.
Учащиеся, обучающиеся в средних и старших классах остальных общеобразовательных школ, могут параллельно учиться в лицее по программам общеэстетического музыкального образования с получением свидетельства об окончании музыкальной школы. Обучение детей основам музыкальной грамоты, музыкальной культуры и их творческое развитие начинается в лицее с 3-х лет на дошкольном отделении.
В возрасте 5-ти лет дети уже начинают играть на разных музыкальных инструментах, а после четвертого класса, более одаренные из них, переходят в лицей на обучение по программам средней общеобразовательной школы с довузовской подготовкой по музыкальным предметам.